ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国连合（E.U.）の戦争は大きな転机を迎えようとしていた－－。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの计略だと见破ったアキトたちは、その本拠である大型飞行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敌・アシ ュレイと激しい戦闘を缲り広げる。戦闘を见守るレイラだったが、突如アキトたちからの连络が途絶する。必死の通信を试みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの袭撃を受ける。戦力も无く、兵士もいないレイラたちの前に、圣ミカエル骑士団総帅のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！wZERO部队が絶体絶命の时、首都パリでは、スマイラス将军によるクーデターが决行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを饮み込んで运命の歯车が回る！