舞台は西暦2087年。月に诞生した军事政権による统一国家・ギガノス帝国が地球连合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。そんな中、スペースコロニー「アルカード」の住人である主人公・ケーン・ワカバ、タップ・オセアノ、ライト・ニューマンの3人は、ひょんなことから新开発メタルアーマー・D兵器（ドラグナー）のパイロットとして登録されてしまい、追撃部队を撃破する。こうして、彼らはギガノス帝国の追撃舰队と戦いながら地球连合军本部を目指すことになる。