雾の総旗舰・ヤマトを目指していたイ401の舰长・千早群像は、父、翔像の生存を知ると、父との再会という新たな目的を抱き北极海へと向かう。一方、メンタルモデルとして成长してきたイオナは、自らの出自を告げられたことでその过去に苦しめられてしまう。